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Du papier au numérique, la petite révolution du cahier de laboratoire

Le cahier de laboratoire est la brique de base du fonctionnement d’un laboratoire. Témoin quotidien des recherches et expérimentations en cours, il assure la traçabilité des données, permet de transmettre le savoir, mais aussi de protéger son travail intellectuel. Une expérimentation conduite conjointement à l’Inra et à l’Inserm vise à faire évoluer ce support indispensable vers un format numérique mieux à même d’intégrer de nouvelles dimensions de la recherche : big data, partage de données…

Le cahier de laboratoire est le témoin quotidien des recherches et expérimentations en cours, il assure la traçabilité des données, permet de transmettre le savoir, mais aussi de protéger son travail intellectuel.. © Inra, Yaël Kouzmine
Mis à jour le 07/12/2016
Publié le 07/12/2016

Qu’est-ce qu’un cahier de laboratoire ?

 

Le cahier de laboratoire a été créé par le ministère en charge de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, l’Institut national de la propriété intellectuelle (INPI) et les organismes de recherche publics. Très concrètement, ce cahier vise à consigner au quotidien le détail de l’ensemble des travaux conduits par les acteurs de la recherche (chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants, etc.).  Outil simple à partager, et utilisé de manière systématique, il rend donc compte du cheminement et de l’expérimentation scientifique des unités de recherche, de la conception des projets à leur conclusion.

Par son exhaustivité, il remplit plusieurs fonctions indispensables aux unités de recherche :

  • Il permet d’abord d’assurer la traçabilité des travaux de recherche, qui est un caractère essentiel de toute « bonne recherche » ;
  • Il permet ensuite d’assurer une transmission des savoirs entre différentes catégories de personnels amenées à travailler sur un même projet ou au sein d’une même équipe ;
  • En tant que mémoire du laboratoire, il est un outil essentiel d’archivage pour protéger le travail intellectuel des unités de recherche et prouver leur antériorité dans le cadre de la rédaction de brevets. Il peut être juridiquement utilisé comme moyen de preuve pour les questions de propriété intellectuelle et dans les enquêtes sur les cas d’allégation de fraude scientifique ;
  • Enfin, il peut contribuer à des démarches qualité pour améliorer les pratiques de recherche.

Le cahier de laboratoire est la brique de base du fonctionnement d’un laboratoire.. © Inra, Yaël Kouzmine
Le cahier de laboratoire est la brique de base du fonctionnement d’un laboratoire. © Inra, Yaël Kouzmine

 

Le cahier de laboratoire doit évoluer

 

Cependant, au sein des unités de recherche, et malgré l’existence et l’utilisation de cet outil, un changement fréquent de personnels peut entrainer des difficultés de gestion et de traçabilité des travaux et des résultats. Par ailleurs, l’évolution de la recherche qui tend à produire une masse croissante de données (big data), et de protocoles, et associe au sein d’un même projet un nombre croissant de chercheurs ayant des compétences complémentaires, soulève de nouveaux problèmes de gestion que le cahier de laboratoire « papier » ne peut pas prendre en compte.

Face à ces constats, et pour optimiser et faciliter leurs pratiques de recherche, des chercheurs de l’Inserm et de l’Inra testent en 2016 un nouveau format de cahier de laboratoire : le cahier de laboratoire électronique (CLE).

Le projet a été initié par la Direction du système d’information (DSI) de l’Inserm en 2014  par une phase de veille technologique essentielle qui a été suivie par une phase d’expérimentation lancée en octobre 2015 impliquant 280 scientifiques répartis sur 31 équipes et plateformes de recherche. Un jeune postdoctorant de l’Inra Bordeaux-Aquitaine, Fabien Labroussaa, a été interpellé par ce projet et a identifié des besoins similaires au sein de son unité de recherche : localisation, intégrité, traçabilité et protection des données. Après des échanges entre les directions des systèmes d’information de l’Inserm et de l’Inra, il a été décidé de lancer une expérimentation dans le périmètre Inra, s’appuyant sur celle de l’Inserm.

Coté Inra, cette expérimentation durera un an et mobilisera plusieurs laboratoires et une trentaine de personnes. Le principal logiciel testé (Labguru) est développé par la société américaine BioData implantée en Israël, mais la localisation des données est assurée en France. Le logiciel présente l’avantage indéniable de relier le CLE à un système de gestion de l’information du laboratoire (SIL) permettant une gestion intégrée de la traçabilité des échantillons, des stocks et approvisionnements, mais aussi le suivi des produits et des instruments.

L’unité de recherche Biologie du fruit et pathologie (UMR 1332 BFP) de Bordeaux sollicite une vingtaine de personnes de différents profils métiers (technicien, chercheur, ingénieur) afin de tester la capacité du logiciel à répondre à une grande diversité d’usage et de pratiques. L’objectif principal de cette phase de test étant d’éprouver la capacité du logiciel à garantir une fiabilité de gestion des protocoles et des données.

Un autre logiciel est étudié, ElabFTW, logiciel open source développé par un ingénieur de l’Institut Curie et qui va être utilisé à l’Inria.  Enfin, en parallèle, la DSI de l’Inra cadrera le service cible qui pourrait être proposé aux autres laboratoires.

Cette expérimentation innovante, conduite entre plusieurs organismes de recherche publique, s’achèvera en 2017 pour procéder à un retour d’expérience et trancher sur l’opportunité d’une telle mini-révolution, du papier au numérique…

Fabien Labroussaa (UMR BFP) expérimente le cahier de laboratoire numérique. © Inra, Yaël Kouzmine
Fabien Labroussaa (UMR BFP) expérimente le cahier de laboratoire numérique © Inra, Yaël Kouzmine

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Biologie et amélioration des plantes